1、颜色不同，透明玻璃瓶颜色为白色透明，可以清晰的看出透明玻璃瓶中盛装物的状态、颜色、还可以通过嗅觉闻出盛装物的味道。棕色玻璃瓶颜色为棕色，不是那么直观的观察出瓶内盛装物的颜色及其状态。
2、盛装物不同，透明玻璃瓶可以盛装固体、液体、试剂等，但是这些试剂的酸碱性却有了很大的要求，不可以是强酸或强碱，可以装的物质有很多，不可以盛装见光易分解的产品，因为棕色玻璃瓶才具有避光性和抗氧化的性质，可以盛装的产品有浓硝酸、碘化银、溴化银、氯化银、硫酸等。这类物质需要使用棕色玻璃瓶储存，还要放在背风阴凉处
3、制作工艺相同，先制作模具，然后采用以石英砂为主的玻璃原料加上以其他辅料在高温写熔化成液态，然后注入模具，冷却、切口、回火、_形成玻璃瓶，这棕色玻璃瓶与透明玻璃瓶的共同点。
同为盛装容器。虽有盛装物的区别，确都是普通的盛装容器。